Historia Koszalińskiego Klubu Piłki Nożnej „Bałtyk” nierozerwalnie związana jest z Koszalinem. W sierpniu 1945 roku, tuż po II wojnie światowej, Wacław Majerowicz powołał klub sportowy „Naprzód”. Pierwsze wyzwania sportowe, pierwsi sportowcy i pierwsi działacze rozpoczęli przygodę z piłką nożną na obiekcie dzisiejszego „Bałtyku”. Po kilku miesiącach, 25 lutego 1946 roku, dzięki wsparciu kupców i rzemieślników, w obecności 21 osób, oficjalnie powołano KKS „Bałtyk” Koszalin. Pierwszym oficjalnym meczem był ten z żołnierzami radzieckimi i reprezentacją Gniezna. Nasi piłkarze mogli rozegrać mecz dzięki otrzymaniu używanych butów piłkarskich z Klubu Sportowego „Stella” Gniezno.

W latach 1947-51 i 1953-57 KKS „Bałtyk” grał w A klasie, w 1952 roku i w latach 1958-59 oraz 1972/73 w III lidze, w latach 1960-1972 i 1973-77 oraz w 1980 roku – w lidze okręgowej, w sezonie 1977/78 – w lidze wojewódzkiej oraz w kampanii 1979/80 – w lidze międzywojewódzkiej.

Sekcję piłki nożnej KKS „Bałtyk” rozwiązywano dwukrotnie. Pierwszy raz w sezonie 1966/67, a następnie po awansie z ligi wojewódzkiej do międzywojewódzkiej i rozegraniu zaledwie trzech meczów w sezonie 1979/80.

Na początku lat ’90 Jan i Zenek Bednarkowie podjęli próbę reaktywacji sekcji piłkarskiej KKS „Bałtyk”, rozpoczynając pracę z młodzieżą. Pokonując opór ówczesnych władz klubowych i samorządowych, w 1995 roku powołali samodzielny Koszaliński Klub Piłki Nożnej „Bałtyk” w Koszalinie. Prezesem został Jan Bednarek, pełniąc tę funkcję do 1997 roku. Od 1997 stanowisko to piastował Zenek Bednarek. Działaczy wspierali między innymi Andrzej Szygenda, Janusz Baran, Stefan Klemczak, Zygmunt Gilewski, Stefan Mila, Waldemar Sołek i wielu innych, zaangażowanych w pracę z młodzieżą trenerów. W lipcu 2022 roku prezesem został Dariusz Płaczkiewicz, który przez 14 lat był dyrektorem sportowym klubu. 

W Bałtyku trenuje prawie 350 zawodników w różnych grupach wiekowych. Klub posiada 13 zespołów. W klubie piłkarzy wychowuje 12 szkoleniowców. W kategoriach młodzieżowych Bałtyk od wielu lat odnosi największe sukcesy w regionie. Wielokrotnie wygrywał w kategoriach orlików, młodzików i trampkarzy ligi grup młodzieżowych prowadzone przez KOZPN. W rozgrywkach ligi wojewódzkiej juniorów starszych i młodszych klub należy do czołówki ligi. W sezonie 2008/2009 juniorzy młodsi po zdobyciu mistrzostwa województwa zachodniopomorskiego dotarli do półfinałów mistrzostw Polski. Piłkarze KKPN „Bałtyk” uczęszczają do klas sportowych w dwóch szkołach Koszalina: klasy 4-8 w Szkole Podstawowej nr 7, klasy 1-4 VI Liceum Ogólnokształcącego.